Estructura y Organización
La ley 8/2002, de 30 de octubre, de creación del IMIDA, le confiere la condición de organismo autónomo, teniendo como fines el impulso de la investigación y el desarrollo tecnológico, así como el ejercicio de la actividad investigadora.
El diseño de la estructura trata de posibilitar una gestión adaptada a las necesidades y peculiaridades de la investigación y desarrollo de los sectores a los que se dirige, buscando la sinergia con otros centros de idénticos fines.
El IMIDA cuenta con los siguientes órganos:
- Directivos: el Consejo del Instituto, el Director y el Gerente.
- De asesoramiento: la Junta Asesora
y la Comisión Científica. 
Bajo la dependencia del Director se encuentra el Gerente.
Dependen del Gerente del Instituto las siguientes unidades:
- Servicio de Gestión Económico-Administrativa, el cual se estructura en:
- Sección de Personal y de Régimen Interior.

- Sección de Gestión Presupuestaria.
- Sección de Apoyo y Mantenimiento.

- La OTRI.
Seis Departamentos de Investigación ejercen las funciones de planificación, coordinación, dirección y control de los equipos de investigación adscritos a ellos.
- Departamento de Biotecnología y Protección de Cultivos.
- Departamento de Citricultura.
- Departamento de Hortofruticultura.
- Departamento de Producción Animal.
- Departamento de Recursos Naturales.
- Departamento de Viticultura.
Los equipos de investigación son los ejecutores de las acciones y actuaciones en materia de investigación y desarrollo de tecnología agraria y alimentaria, incluida la acuicultura marina.
Legislación
- Orden de 2 de enero de 2008, de la Consejería de Hacienda y Administración Pública, por la que se modifica la Relación de Puestos de Trabajo del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario BORM 7-2008

- Orden de 26 de julio de 2006, de la Consejería de Economía y Hacienda, por la que se efectúa la convocatoria y se regula el procedimiento para la integración en las Escalas Científica Superior y Científica de los Funcionarios del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario

- Orden de 26 de julio de 2006, de la Consejería de Economia y Hacienda, por la que se configuran las Opciones Investigación Agraria y Alimentaria, dentro de los Cuerpos Superior Facultativo, Escala Cientifica Superior; Cuerpo Técnico, Escala Científica y Cuerpo Técnico Especialista

- Orden del Consejero de Agricultura y Agua, de fecha 25 de julio 2006, por la que se denominan los Departamentos del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario, y Equipos que lo integran.
- Orden de 10 de abril de 2006, de la Consejería de Economía y Hacienda por la que se modifica la relación de puestos de trabajo de la Administración Pública de la Región de Murcia

- Decreto nº 14/2006, de 17 de marzo, por el que se establece la estructura orgánica del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario

- Decreto nº 13/2006, de 17 de marzo, por el que se aprueban los Estatutos del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario

- Ley 8/2002, de 30 de octubre, por la que se crea el Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario (IMIDA)

